اگر از کاربران Endnote هستید و تصمیم به استفاده از Mendeley گرفته اید نخستین پرسش و دغدغه شما این است که چگونه کتابخانه فعلی یا مجموعه منابعی که در Endnote دارید را به Mendeley منتقل کنید. توجه کنید که در این روش تنها می‌خواهیم منابع و کتابخانه های موجود در Endnote را به Mendeley منتقل کنیم ولی رفرنسهایی که در سند Word یا Tex  و … وارد کرده اید را باید به صورت دستی از اول شماره گذاری کنید که معمولا زمان زیادی از شما نمیگیرد.

برای این کار ابتدا باید کتابخانه Endnote خود را با فرمت EndNote XML استخراج (Export) کنید و سپس در مندلی import نمایید. بدین منظور در Endnote تمام منابعی را که میخواهید منتقل شود انتخاب و از منوی File آنها را Export کنید و در پنجره باز شده نوع آن را xml انتخاب نموده و با یک نام دلخواه ذخیره کنید.

سپس وارد مندلی شده و از منوی File گزینه Add files را کلیک و فایلی که در Endnote ذخیره کردید را انتخاب کنید.

علاوه بر فرمت xml شما می‌توانید منابع را در Endnote با فرمت‌های RIS و bib هم export کنید که هر دو فرمت نیز در Mendeley قابل استفاده است و قبلا در آموزش استفاده از نرم‌افزار Mendeley نحوه‌ی وارد کردن آنها به مندلی را شرح داده‌ایم. برای ذخیره با این دو فرمت بایستی در Endnote در منوی Edit و سپس Output Styles قسمت Open Style Manager را باز کنید و گزینه‌های Bibtex Export و RefMan (RIS) Export را انتخاب کنید و سپس در منوی File>Export فرمتهای جدید برای شما قابل استفاده خواهد بود.

_{با تشکر از جناب عظیم‌پور که این روش را تست کردند.}